non-zero-exit报错R

Posted on Edited on In , Views: Waline: Word count in article: 938 Reading time ≈ 2 mins.

在 R 安装需要软件包时，”non-zero-exit” 错误通常指示程序在执行过程中出现了非零的退出代码。这通常表示程序在某个步骤中遇到了错误或异常情况。回溯安装过程，可以发现non-zero exit status 的问题不止一种，或者说所有的安装失败，都会给出 non-zero exit status 的warning。以下列出几种可能的问题类型，或许可以按照这些办法解决掉安装失败的问题。

没有编译权限看这里

有root权限安装c编译器很简单

1
apt install build-essential

无root权限安装c编译器

1
conda install gcc=12 -c conda-forge

  1. ERROR: compilation failed for package

经常出现在OSX中的一个问题，缺少C++ library 提供的放头文件。解决办法是安装C++或者Xcode Command Line Tools。C++的安装不必说，Xcode Command Line Tools 的安装命令为：

1
xcode-select --install

安装Xcode Command Line Tools 就不会在发生 compilation failed for package 的错误了。

  1. Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character() :

1
argument is of length zero

参数缺失的报错，找到R安装目录下 R/etc 下是否有 Makeconf 这个文件，如果没有则需要重新安装 r-base-core 包，命令为：

1
sudo apt-get install r-base-core

有时候还需要安装较高版本的libtiff，注意32bit的要安装 x86：

1
sudo apt-get install libtiff5-dev

  1. 依赖包/动态库缺失

1
ERROR: dependency ‘scales’ is not available for package ‘pheatmap’

一个的依赖包安装失败，导致其他依赖包安装失败。

1
Configuration failed because no mysql client library was found.

动态库缺失，在报错信息里找到需要安装的动态库，安装即可。