WDL官网简介：
工作流描述语言（WDL）是一种开放标准，用于以人类可读可写的语法描述数据处理工作流。WDL 可以直接定义分析任务，在工作流中将它们连接起来，并并行执行。该语言力求让所有用户（包括程序员、分析师和生产系统的操作员）都能理解和使用。这种语言可以简单地表达常见的模式，如分散收集和条件执行。WDL 专为可移植性而设计，有多种实现方式可供选择，可在包括 HPC 系统和云平台在内的各种环境中运行。
WDL主要有5个核心组件，WDL不是顺序执行的，所以workflow、task、call在脚本内的排列顺序并不重要。
| 组件 |
|
| workflow |
定义了整个工作流程，类似于main |
| task |
定义了单独的每个子任务，位于workflow模块外部，类似于函数 |
| call |
位于workflow模块内部，表示执行一个特定的函数（task） |
| command |
字面意思 |
| output |
字面意思 |
例如：
task:
1
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11
12
| task my_task {
String input_file
String output_file
command {
cat ${input_file} > ${output_file}
}
output {
File output = ${output_file}
}
}
|
workflow
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
| workflow my_workflow {
input {
File input_file
}
call my_task {
input: input_file = input_file
}
output {
File output_file = my_task.output
}
}
|
完整的例子：
文件合并：
1
2
3
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6
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| task merge_files {
File file1
File file2
String output_file
command {
cat ${file1} ${file2} > ${output_file}
}
output {
File merged_file = ${output_file}
}
}
workflow merge_workflow {
input {
File file1
File file2
}
call merge_files {
input: file1 = file1, file2 = file2, output_file = "merged.txt"
}
output {
File merged_file = merge_files.merged_file
}
}
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排序例子：
1
2
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| task sort_file {
File input_file
String output_file
command {
sort ${input_file} > ${output_file}
}
output {
File sorted_file = ${output_file}
}
}
workflow sort_workflow {
input {
File input_file
}
call sort_file {
input: input_file = input_file, output_file = "sorted.txt"
}
output {
File sorted_file = sort_file.sorted_file
}
}
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条件语句：
1
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| task process_file {
File input_file
String output_file
command {
# 处理文件
# ...
}
output {
File processed_file = ${output_file}
}
}
workflow process_files {
input {
Array[File] input_files
}
scatter (file in input_files) {
call process_file {
input: input_file = file, output_file = "${file}.processed"
}
}
output {
Array[File] processed_files = process_file.processed_file
}
}
|